Das Unternehmen wurde von Carl Joseph Aloys Gilka (1812-1873) in der Schützenstraße 9 in Berlin-Mitte gegründet. Gilka stammte aus Mähren. Er hatte 1836 eine vorteilhafte Ehe geschlossen; die Mitgift seiner Frau, Auguste Henriette geb. Schmidt, in einer Höhe von 15 000 Talern diente als Grundlage, um die Destillations-, Rum- und Spritfabrik zu gründen. Den Alkohol für die Getränkeherstellung produzierte er in einer Brennerei in Düppel. Sein Unternehmen trug die Initialen seines zweiten und dritten Vornamens mit Familiennamen.
Das bekannteste Produkt von Gilka war der „Kaiser-Kümmel“, ein leicht gesüßter Kümmelbranntwein aus Kümmelöl, Zucker und Spiritus, der 38% Alkohol enthält und seit 1836 hergestellt wurde. Einigen Quellen zufolge wurde es bei Hofe in Berlin getrunken, mit Sicherheit aber beim Wiener Hofe.
Bekannte Mitglieder der Familie Gilka waren später der Kommerzienrat Theodor Gilka (†um 1907). Er wohnte in Berlin in der Tiergartenstraße 34a und besaß mehrere Landgüter, darunter auch das Rittergut Dessow, auf dem sich eine Brauerei und eine Brennerei befanden. Theodor und Hermann Gilka wurde auf Grund der hohen Qualität ihrer Erzeugnisse zu k.u.k. Hoflieferanten ernannt.
Der Sohn von Theodor Gilka, Arthur Gilka (1875-1937), wurde Kommerzienrat. Reich und angesehen waren ferner Albert und Hermann Gilka.Arthur Gilka legte sich unter anderem 1898 ein Rittergut mit Brennerei in Kartzow zu und produzierte dort Alkohol aus Rüben und Kartoffeln für die Likörherstellung. Auf Arthur Gilka geht auch der Neubau des Gutshauses in Kartzow nach Plänen von Eugen Schmohl ab 1912 zurück. Der Grundbesitz der Familie Gilka lag vor allem in der Mark Brandenburg und in der Lausitz, was sich nach dem Zweiten Weltkrieg als fatal erwies: Die Familie wurde 1954 enteignet und verlor all ihre Produktionsstätten.
Bis 1972 wurde das Geschäft noch von einem Familienmitglied in Hamburg weitergeführt, dann folgte der Verkauf an Underberg. Unter der Bezeichnung J. A. Gilka KG wird heute in Kettwig der „Kaiser-Kümmel“ produziert